?

Log in

СИСТЕМНАЯ БИОЛОГИЯ [entries|archive|friends|userinfo]
Systems biology

[ userinfo | livejournal userinfo ]
[ archive | journal archive ]

Интенсивный семинар по системной биологии [Feb. 15th, 2015|08:05 am]
Systems biology

fp7_bio_ru
[Tags|]

Оригинал взят у fp7_bio_ru в Интенсивный семинар по системной биологии
21-24 мая Институт биоинформатики и Университет ИТМО во второй раз проведут интенсивный семинар по системной биологии с участием приглашенных лекторов из Washington University in St. Louis и Harvard University.

За четыре дня участники изучат основные подходы к получению системных данных, начиная от экспрессии генов, РНК-, ChIP- и экзомного секвенирования, заканчивая высокопроизводительным метаболическим профайлингом. Также будут рассмотрены вопросы планирования соответствующих экспериментов, обработки данных, генерации биологических гипотез и их проверки. Рабочий язык – русский.

В этом году семинар пройдет в пригороде Санкт-Петербурга. В стоимость участия входит проживание, трансфер, питание и все материалы.

Регистрация — до 10 марта.
Подробности: http://bioinformaticsinstitute.ru/sbw
LinkLeave a comment

Бесплатный трехнедельный онлайн-курс Института биоинформатики "Основы статистики". [Feb. 15th, 2015|08:02 am]
Systems biology

fp7_bio_ru
[Tags|]

Оригинал взят у fp7_bio_ru в Бесплатный трехнедельный онлайн-курс Института биоинформатики "Основы статистики".
15 февраля открывается бесплатный трехнедельный онлайн-курс Института биоинформатики "Основы статистики". Обучение проходит на русском языке.

Будут рассматриваться основные методы и принципы статистического анализа, интерпретация и визуализация получаемых результатов и многое другое.

Курс подойдет слушателям, которые только начинают изучать статистику и заниматься анализом данных. Специализированных знаний не требуется, но пригодится владение школьной математикой. Курс подготовлен на основе программы по статистике для биологов в Институте биоинформатики.

Регистрация и программа: https://stepic.org/76
LinkLeave a comment

Образовательный курс «Систематический обзор и мета-анализ: теория и практика» [Nov. 2nd, 2014|08:03 pm]
Systems biology

fp7_bio_ru
[Tags|]

Оригинал взят у sharov43 в Образовательный курс «Систематический обзор и мета-анализ: теория и практика»
Образовательный курс «Систематический обзор и мета-анализ: теория и практика» пройдет в период с 10 по 14 Ноября 2014 года в Санкт-Петербурге, в Северо-Западном государственном медицинском университете им. И.И.Мечникова по адресу: Пискаревский пр. 47, кафедра эпидемиологии, паразитологии и дезинфектологии.
Курс организован в рамках долгосрочного научно-исследовательского сотрудничества между Каролинским Институтом и медицинскими ВУЗами Санкт-Петербурга и рассчитан на слушателей последипломного уровня - интернов, ординаторов, аспирантов, молодых ученых, а также преподавателей эпидемиологии и других медицинских дисциплин.
Идея курса, а также его структура аналогична используемой в Каролинском Институте при проведении последипломного курса ”Systematic review and meta-analysis”.
Обязательна предварительная регистрация.
Контактное лицо: доцент Асланов Батырбек Исмелович (batyra@mail.ru).
Подробная информация представлена на сайте СЗГМУ http://szgmu.ru/rus/m/1906/
LinkLeave a comment

4-я Московская международная конференция «Молекулярная филогенетика MolPhy-4» [Aug. 8th, 2014|05:01 pm]
Systems biology

fp7_bio_ru
[Tags|]

Оригинал взят у fp7_bio_ru в 4-я Московская международная конференция «Молекулярная филогенетика MolPhy-4»
Оригинал взят у sharov43 в 4-я Московская международная конференция «Молекулярная филогенетика MolPhy-4»
Приглашаем вас принять участие в работе 4-й Московской международной конференции «Молекулярная филогенетика MolPhy-4», которая состоится в Московском государственном университете имени М.В. Ломоносова с 23 по 26 сентября 2014 г.

В работе конференции примут участие крупные отечественные и зарубежные специалисты. Будут представлены пленарные доклады (лекции) приглашенных ученых по современным аспектам молекулярной филогенетики и смежных дисциплин. Важной задачей конференции является укрепление существующих и установление новых научных связей для реализации совместных проектов. Приветствуется участие, аспирантов, студентов и молодых ученых.

Основная тематика

•  молекулярная филогенетика различных групп организмов и ее значение для систематики
•  эволюционная геномика
•  сценарии совместной эволюции генетических систем; реконструкция предкового состава, свойств и эволюционной истории геномов
•  методы датирования эволюционных событий по молекулярным данным
•  эволюционная биология развития (Evo-Devo)
•  методы и алгоритмы филогенетического анализа
•  штрих-кодирование и генотипирование биологических объектов
•  молекулярная эпидемиология, экология, биогеография, археология
•  прикладные аспекты филогенетики

Рабочие языки конференции – английский и русский, в зависимости от комплектации секций.

Важные сроки

25 августа 2014 г. - крайний срок представления материалов
01 сентября 2014 г. - крайний срок регистрации участников; дата извещения авторов о принятии материалов к программе конференции и о форме доклада

Оргкомитет сообщает также о проведении научно-практической школы «Высокопроизводительное секвенирование: получение, анализ данных и их использование в филогенетике» в МГУ им. М.В. Ломоносова с 27 сентября по 12 октября 2014 г.  Сайт школы: http://mouse.belozersky.msu.ru/NGSphylo2014 .

Дополнительная информация и на сайте: www.molphy.ru
LinkLeave a comment

Молекулярные и клеточные основы ранней эволюции жизни [Jul. 12th, 2014|02:39 pm]
Systems biology

fp7_bio_ru
[Tags|]

Оригинал взят у fp7_bio_ru в Молекулярные и клеточные основы ранней эволюции жизни

Международная молодёжная научная школа
«Молекулярные и клеточные основы ранней эволюции жизни»
Москва, 22-26 сентября 2014 года


РЕГИСТРАЦИЯ УЧАСТНИКОВ

Для участия в молодёжной научной школе «Молекулярные и клеточные основы ранней эволюции жизни», которая пройдет 22-26 сентября 2014 г. в Москве, приглашаются студенты, аспиранты и молодые учёные (до 35 лет), интересующиеся вопросами происхождения жизни на Земле и механизмами эволюции живой материи.

Для участия необходимо зарегистрироваться по адресу http://oparin2014.inbi.ras.ru/registration.ru.php.

Окончание регистрации – 10 сентября 2014 г. Окончание приема тезисов стендового сообщения – 15 августа 2014. Участие в школе бесплатно для всех студентов и молодых ученых до 35 лет.


НАУЧНЫЕ ЗАСЕДАНИЯ ШКОЛЫ

Регистрация участников на мероприятии начнется в понедельник 22 сентября в конференц-зале Института биохимии им. А.Н. Баха (Ленинский проспект, 33, корпус 2, 3-й этаж) в 10:00. Лекции, постерная сессия, и дискуссии Школы 22 и 23 сентября будут проводиться в этом же зале. Заседания 22 и 23 сентября будут проходить на русском языке, и ставят целью в популярной и доступной форме ввести слушателей в проблему возникновения жизни и ранней эволюции.

Далее, с 24 по 26 сентября, все научные заседания будут проводиться в здании Президиума РАН (Ленинский проспект, 32А). Заседания 24-26 сентября пройдут на английском языке и будут включать доклады ведущих ученых в данной области по теме их исследований. Синхронный перевод не предусмотрен.

Научная программа будет доступна по адресу http://oparin2014.inbi.ras.ru/programm.ru.php

Подробнее

LinkLeave a comment

(no subject) [Jul. 5th, 2014|04:57 pm]
Systems biology

clayrat
[Current Music |Seventh Wave - Metropolis | Powered by Last.fm]

Hall, Jackson, Hajnal, Fisher, "Logic programming to predict cell fate patterns and retrodict genotypes in organogenesis"

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24966232
Link1 comment|Leave a comment

The German Conference on Bioinformatics [Jun. 9th, 2014|05:30 pm]
Systems biology

fp7_bio_ru
[Tags|]

Оригинал взят у fp7_bio_ru в The German Conference on Bioinformatics

The German Conference on Bioinformatics (GCB) is an annual, international conference devoted to all areas of bioinformatics. Recent meetings attracted a multinational audience with 250 – 300 participants each year.

The GCB 2014 is hosted by the bioinformatics groups of Bielefeld University. It is organized by the German Society for Chemical Engineering and Biotechnology (DECHEMA), and supported by the Special Interest Group on Informatics in Biology of the German Society of Computer Science (GI) and the Society for Biochemistry and Molecular Biology (GBM).

bielefeld uni stadt

The meeting is open to all fields of bioinformatics. Satellite workshops are planned that will take place on 28 September 2014 and are part of the conference program.

Keynote Speakers

Theodore Alexandrov - University of Bremen; University of California; SCiLS GmbH

Rolf Apweiler - The EMBL-European Bioinformatics Institute, Hinxton, Cambridge

Ellen Baake - Bielefeld University

Cenk Sahinalp - Simon Fraser University, Canada; Indiana University, Bloomington

Peter Stadler - Leipzig University

Tanja Woyke - DOE Joint Genome Institute, Walnut Creek, California

LinkLeave a comment

V Международная конференция "Математическая биология и биоинформатика" [Apr. 22nd, 2014|03:45 pm]
Systems biology

fp7_bio_ru
[Tags|]

Оригинал взят у fp7_bio_ru в V Международная конференция "Математическая биология и биоинформатика"
Уважаемые коллеги, приглашаем Вас принять участие в V Международной конференции "Математическая биология и биоинформатика", которая будет проходить в г. Пущино Московской области c 19 по 24 октября 2014 года.


Тематика конференции включает в себя следующие направления:
• Высокопроизводительные вычисления в моделировании биологических систем
• Математическое моделирование структуры и динамики биополимеров
• Математическое моделирование нанобиоэлектронных систем
• Математическое моделирование генных и метаболических сетей
• Математические модели обработки информации в структурах мозга
• Модели эволюции и развития в биологии
• Математическое моделирование в иммунологии и эпидемиологии
• Популяционное моделирование и вычислительная экология
• Математическая биофизика
• Математические методы обработки и анализа биологических данных
Биоинформатика

Регистрация участников проводится до 1 июля 2014 г.

http://www.fbb.msu.ru/news/view.php?ID=345
LinkLeave a comment

Секвенирован геном гребневика [Jan. 16th, 2014|01:19 pm]
Systems biology

fp7_bio_ru
Оригинал взят у fp7_bio_ru в Секвенирован геном гребневика
Гребневики – эволюционно древние, своеобразно устроенные животные. Их положение на филогенетическом древе животного царства, а также некоторые особенности (устройство нервной системы, наличие мезодермы и др.) являются предметом оживленной дискуссии среди эволюционных биологов. Усилия по секвенированию генома гребневика, наконец, завершились успехом: в статье в журнале Science сообщается о секвенированном геноме Mnemiopsis leidyi. Размер генома ~150 Mb, 16548 предсказанных генов составляют 58% генома. Филогенетический анализ как аминокислотных последовательностей, так и содержания генов (gene content) показал, что гребневики действительно являются самой древней группой многоклеточных животных, более древней, чем проще устроенные губки и трихоплакс.

Гребневики обладают относительно сложной нервной системой. Авторы статьи предполагают, что нервная система появилась в эволюции у предшественника всех ныне существующих многоклеточных животных, а у губок и трихоплакса она утрачена вторично. Интересно, что у последних (геномы Trichoplax и губки Amphimedon уже отсеквенированы) присутствует значительная часть нейральных генов. Это тоже свидетельствует в пользу предположения о вторичной утрате нервной системы у этих примитивных животных. Альтернативной гипотезой является независимое происхождение нервной системы у гребневиков и всех остальных животных. Подтверждение той или другой гипотезы выходит за рамки сравнительной геномики и требует функционального изучения нейральных генов у организмов без нервной системы.

По поводу происхождения мезодермы высказывались предположения, что мезодерма, как и нервная система, является древнейшим эволюционным "изобретением", и была вторично утрачена у губок, трихоплакса и книдарий. Однако, в отличие от нейральных генов, в геноме Mnemiopsis мезодермальные гены по большей части отсутствуют, или же не экспрессируются в мезодермальных зачатках и их производных. Таким образом, установлено, что мезодерма появилась при возникновении билатерий (билатерально симметричных животных). Это согласуется с ранее установленным фактом, что поперечнополосатая мускулатура появилась независимо у гребневиков, книдарий и билатерий.

Что касается сигнальных каскадов, то из 7 известных сигнальных каскадов (Wnt, TGF-b, receptor tyrosine kinase (RTK), Notch, nuclear receptor, Hedgehog и JAK/STAT) у Mnemiopsis обнаружены гены RTK (они есть и одноклеточных), TGF-b (появившийся с переходом к многоклеточности) и канонический Wnt/beta-catenin. Найдены некоторые компоненты каскадов Notch и Hedgehog, но не все, к тому же у некоторых белков отсутствуют ключевые диагностические домены. Нет компонентов каскада Wnt/PCP (планарной клеточной полярности) (есть у книдарий) и JAK/STAT (его нет у книдарий, т.е. он является "изобретением" билатерий).

Таким образом, полученные данные позволяют пересмотреть привычные представления о возникновении и эволюции многоклеточных животных.


Источник: The genome of the ctenophore Mnemiopsis leidyi and its implications for cell type evolution. Science. 2013 Dec 13;342(6164):1242592. doi: 10.1126/science.1242592.
Link1 comment|Leave a comment

Семинар по системной биологии [Jan. 10th, 2014|11:31 am]
Systems biology

clayrat
Originally posted by fp7_bio_ru at Семинар по системной биологии
Институт биоинформатики и международная научная лаборатория "Компьютерные технологии" НИУ ИТМО открывают прием заявок на четырёхдневный семинар по системной биологии с участием приглашенных лекторов из Washington University in St. Louis и Harvard University.

Цель семинара – дать глубокое представление о вычислительных задачах, вытекающих из современных биологических экспериментов, а также о существующих методах их решения. В рамках семинара будут изучены основные подходы к получению биологических данных, включая эпигенетический профайлинг, ChIP-seq, РНК-секвенирование, анализ экспрессии генов, экзомное секвенирование и метаболический профайлинг. Будут рассмотрены как теоретические основы этих методов, так и их практическое применение.

Семинар пройдет с 15 по 18 мая 2014 года. Рабочий язык – русский, однако, от участников требуется владение английским языком на уровне чтения профильной научной литературы.

Подать заявку на участие можно до 1 марта 2014 на странице семинара http://bioinformaticsinstitute.ru/sbw2014. Проводится конкурсный отбор.
Link2 comments|Leave a comment

navigation
[ viewing | 10 entries back ]
[ go | earlier/later ]